以重点学科为“龙头”，以高新技术为依托，以疾病诊治链为纽带，以重大基础性研究项目为切入点，打造优势学科群，提升核心竞争力。经过近三年的建设，长海医院已形成了三个“优势学科群”。

 　　胸心疾病学科群：由胸心外科领衔，心内科、麻醉科、影像科、超声科等科室共同参与的学科群，进行全方位联合协作。学科群围绕瓣膜病、冠心病、先心病等的内外科治疗开展全方位合作，诊治病人数和水平处于国内领先水平。三年来，瓣膜置换术过千例，总例数近6500例，其中危重瓣膜病占25％，手术成功率达96％，死亡率从4.2％降低至3.9％，开展了六项相关新技术，技术水平处于国内领先；冠心病手术总计900余例次，开展“微创心脏不停跳搭桥手术”500余例，手术成功率98％，手术死亡率2％；内科冠心病介入治疗每年400余例次；先心病介入治疗每年200余例次，累计1000余例次；研制具有自主知识产权的“室间隔缺损封堵器”，获得SFDA批准，在全国20余家医院推广应用，治疗病人700余例，成功率95％以上。2001年上海市成人心血管疾病诊治中心，2002年跨入国家重点学科的行列，获得1000万元的专项资助。

 　　胰腺疾病学科群：医院专项投资550万元，组成了由消化内科牵头，胰脾外科、病理科、影像科、中医科、营养科、实验诊断科７个学科参与的，一个分工明确而又互相协作的学科群，开展了以主攻重症胰腺炎和胰腺癌的早期诊治的研究。建立胰腺内、外科病区，设立重症胰腺炎监护室，开通急诊、CT、MRI绿色通道，组织联合门诊、共同查房和定期讨论和配套开展专病的套餐检查项目。目前，已收治重症胰腺炎300例，死亡率由20~30%降至6%；救治成功率达93.8％，救治费用从人均15万元降至10万元；内镜治疗慢性胰腺炎近400例，成功率达95％；胰腺癌手术千余例，胰头癌切除率从20%上升到80%，手术死亡率降低到2%以下。获军队、上海市医疗、科技进步一、二等奖3项，胰腺疾病诊治水平国内领先。

 　　血管疾病学科群：血管外科、脑外科、影像科，以微创技术为主实施血管疾病诊治。突出“全、微、新”三个特点（全面：大小血管、动静脉；微创：介入治疗为主；创新：新术式、新技术、新材料）。在国内率先开展十余种新的治疗手段（胸、腹主动脉瘤腔内隔绝术、颅内支架侧孔成形术、支架成形术治疗难治性颅内动脉瘤、创伤性假性动脉瘤的外科治疗）。在胸、腹主动脉瘤的介入治疗方面形成特色，共完成500余例次（国内最大宗病例），疗效好；在颅内血管疾病（出血、缺血、外伤）的介入治疗方面形成特色，共完成2800余例次；颅内动脉狭窄成形术600余例次（国际最大宗例数）。获总后、上海市、学校等资助经费近2000万元，获全军医疗成果一等奖两项、上海市和军队医疗成果二等奖两项。现为全军血管外科研究所，上海市血管系统疾病诊治临床医学中心，亚太地区神经介入培训中心。